вот поэтому у нас свой vps-сервер на hc.ru. Сам настраиваешь, сам за все отвечаешь. Оно, конечно, достаточно дорого, но сколько заплатил, на столько и работает. Зато ты (к)root!
а по вопросу - скорее всего слетела привязка на сервере адреса сайта к вашему каталогу с файлами. Надо выполнить a2ensite, а может достаточно просто перестартовать апача... И это сделать могут только админы хостера.