Прежде всего читаем здесь -
http://talusha.3bb.ru/viewtopic.php?id=2309 (трафик, ибо фотки). Потом читаем ниже.
Вопросом, как максимально правильно потратить время в Риме, я год назад занимался несколько недель (!), изучив местоположение чуть ли не всех достопримечательностей Рима в отношении друг друга, пешеходные и прочие маршруты и т.д. Правда, у нас так сложилось, что времени в Риме оказалось меньше, чем мы планировали, поэтому полностью программу выполнить не удалось
От TramBus я бы все-таки рекомендовал отказаться. Он хорош, если в Риме оказаться случайно, и, соответственно, неподготовленным. Если же мы УЖЕ знаем, где что относительно друг друга находится, и куда нам идти/ехать, то зачем он нам нужен?
В целом же Barminskaya и Benzin95 правы. Один день - это пешеходный маршрут по центру (вполне можно наш повторить), второй - это полдня на Сен-Пьетро, по возможности - с куполом (про купол Сен-Пьетро в отчете все подробно написано, поэтому не спите с утра и идите к самому открытию), и еще полдня на те места, которые лежали в удалении от пешеходного маршрута. Пешеходный маршрут описан подробно, к списку обязательных к осмотру мест добавляю пьяццу Навона и Трастевере. Если бы у нас все срослось, как хотели, то во второй день был бы еще Сен-Анджело и Латеранский дворец/собор, при удаче - кусочек Аппиевой дороги.
Приятного отдыха!